โรงเรียนสุเหร่าคลองใหญ่ (อนุกูลศึกษา) เดิมชื่อโรงเรียนเปร็งราษฎร์บำรุง เป็นโรงเรียนราษฎ์ประชาชนจัดตั้งขึ้น เปิดสอนตั้งแต่ พ.ศ. 2472  ได้ดำเนินการสอนเรื่อยมาจนปี 2482 ต้องหยุดทำการเพราะขาดทุนทรัพย์ 

พ.ศ. 2490 นายลี มูเนาวาเราะห์ อิหม่ามมัสยิดซอลีฮุ้ล พร้อมด้วยคณะกรรมการมัสยิดได้ขออนุญาตจัดตั้งเป็นโรงเรียนประชาบาล ประชาชนจัดตั้ง เมื่อวันที่ 28 สิงหาคม 2490  เปิดสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 – 4 มีนักเรียน 40 คน ครู 4 คน ใช้ศาลาอเนกประสงค์ของมัสยิดเป็นสถานที่เรียน ต่อมาคณะกรรมการมัสยิดได้หาเงินจัดสร้างอาคารไม้ชั้นเดียว ขนาด 8 x 28 เมตร มีมุมด้านข้าง 

พ.ศ.2493 นายลี มูเนาวาเราะห์ พร้อมด้วยคณะกรรมการมัสยิดได้โอนกิจการพร้อมทั้งอาคารให้กับทางราชการเป็นโรงเรียนประชาบาลประเภทนายอำเภอจัดตั้งและเปลี่ยนชื่อเป็นโรงเรียนสุเหร่าคลองใหญ่ (อนุกูลศึกษา) เปิดสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 – 4 มีนักเรียน 112 คน ครู 4 คน นายดุสิต  ถาวรวงศ์ เป็นครูใหญ่ 

พ.ศ. 2505 นายทวีศักดิ์  มูเนาวาเราะฮ์ดำรงตำแหน่งครูใหญ่และได้ขอความร่วมมือจากประชาชนและคณะกรรมการมัสยิด สร้างอาคารเรียนหลังใหม่ โดยทางราชการได้อนุมัติเงินทั้งสิ้น 120,000 บาท ซึ่งมีนางเหงี่ยม เซ็นประเสริฐ เป็นผู้บริจาคร่วมกับประชาชนสร้างอาคารเรียนแบบของฉะเชิงเทรา เป็นอาคารไม้ 1 ชั้น มีเสาตอม่อขนาด 8 x 80 เมตร มีมุขตรงกลาง 7 ห้องเรียน หลังคามุงด้วยกระเบื้องสี 

พ.ศ. 2506 อาคารเรียนเสร็จและได้ย้ายนักเรียนมาเรียนบนอาคารเรียนหลังใหม่ เมื่อวันที่ 1 กันยายน 2506 มีนักเรียน 244 คน มีครู 5 คน 

พ.ศ. 2507 ได้ขออนุญาตทางราชการขอเปิดขยายชั้นเรียนเปิดทำการสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 - ชั้นประถมศึกษาปีที่ 7  ทางโรงเรียนได้ขอความร่วมมือจากประชาชนและนายพีระ  บุญจริง นายอำเภอเมืองฉะเชิงเทรามาเป็นเกียรติในการพัฒนาโรงเรียน ทางโรงเรียนจึงกราบเรียนเชิญนายยุทธ จรัญญานนท์ ผู้ว่าราชการจังหวัดฉะเชิงเทรามาเป็นประธานเปิดงานพัฒนาโรงเรียน โดยได้เงิน 30,000 บาท มีนักเรียนเพิ่มขึ้นเป็น 264 คน 

พ.ศ. 2508 ทางราชการได้อนุมัติเงินงบประมาณให้ต่อเติมอาคารเรียนอีก 3 ห้องเรียน เป็นเงิน 

105,000 บาท

พ.ศ. 2509 ทางราชการได้อนุมัติเงินงบประมาณให้ต่อเติมอาคารเรียนอีก 1 หลัง เป็นเงิน 35,000 บาท โดยทางโรงเรียนหาเงินสมทบอีก 10,000 บาท รวมเป็นเงิน 45,000 บาท และได้รับงบประมาณสร้างบ้านพักครูอีก 1 หลัง เป็นเงิน 20,000 บาท มีนักเรียนทั้งหมด 358 คน ครู 8 คน

  พ.ศ. 2511 มีนักเรียนเพิ่มขึ้นเป็น 422 คน มีครู 11 คน ได้จัดชั้นเรียนเป็น 14 ห้องเรียนทางโรงเรียนจึงของบประมาณสร้างอาคารเรียน แบบ ป.015 จำนวน 4 ห้องเรียน ใต้ถุนสูง หลังคามุงด้วยกระเบื้องสีขาว งบประมาณ 260,000 บาท และได้รับการสนับสนุนให้คณะกรรมการมัสยิดเปิดโรงเรียนราษฎ์ขึ้นอีก 1 โรงเรียนคือ โรงเรียนอนุกูลพิทยาเปิดสอน ป. 5 – ป.6 และชั้น ม.1 – ม.3 

พ.ศ.2512 ทางโรงเรียนได้ขอความร่วมมือกับศิษย์เก่า ผู้ปกครองนักเรียนจัดหาเงินมาพัฒนาโรงเรียนได้เงิน 20,000 บาท เพื่อถมสนามหน้าอาคารเรียนและบ่อน้ำ รอบบริเวณอาคารเรียน

ทางราชการโดยกระทรวงมหาดไทย ได้มอบเครื่องเชิดชูเกียรติให้แก่บุคลากรในโรงเรียน ดังนี้

1. โล่ทอง 3 โล่

2. โล่นาค 2 โล่

3. โล่ทองแดง 12 โล่

4. เข็มกลัดทองแดงให้นายสมหวัง  เสน่ห์หา  นายหมัดยูซบ  อรุณพูนทรัพย์  นายอิสหาก เทศทอง นายฮัลลีม เจ๊ะหมัด นายทองวัน ปะปุ่นไร่ 

5. เข็มกลัดประดับเพ็ชรให้นางเหงี่ยม  เซ็นประเสริฐ 

6. เข็มกลัดประทับทองแดงและเข็มกลัดนาคให้นายทวีศักดิ์  มูเนาวาเราะฮ์ 

7. เข็มกลัดนาคให้นายนุช  หมัดพิทักษ์ 

พ.ศ. 2514 ทางราชการได้อนุมัติเงินงบประมาณให้สร้างถังน้ำแบบกรมอนามัย จำนวน 1 ชุด 7 ถังเป็นเงิน 7,000 บาท โรงเรียนหาเงินสมทบอีก 18,000 บาท เป็นเงิน 25,000 บาท

พ.ศ. 2518 ทางราชการได้อนุมัติเงินหมวดค่าที่ดินและสิ่งก่อสร้างบ้านพักครู แบบกรมสามัญ 1 / 2 เป็นเงิน  60,000 บาท

พ.ศ. 2519 ทางราชการได้อนุมัติเงินงบประมาณให้สร้างบ้านพักครู แบบกรมสามัญ 1 / 2 อีก 1 หลัง เป็นเงิน  80,000 บาท

พ.ศ. 2526 ทางโรงเรียนได้ของบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ สปช.105/26 แทนอาคารเรียนชำรุดเป็นเงิน  80,000 บาท จำนวน 4 ห้องเรียน ใต้ถุนสูง คสล. หลังคามุงด้วยกระเบื้องลอนคู่สีขาวและเริ่มใช้เมื่อวันที่ 31 มกราคม 2528 โดยมี รต.สะอาด ศิริสาคร นายอำเภอเมืองฉะเชิงเทรา เป็นประธานเปิดอาคารเรียน

พ.ศ. 2534 ทางราชการได้อนุมัติงบประมาณสร้างเรือนเพาะชำแบบ พ.1 ขนาด 4x6 เมตร เป็นเงิน 25,000 บาท

พ.ศ. 2535 ทางราชการได้อนุมัติงบประมาณหมวดค่าที่ดินและสิ่งก่อสร้างให้อาคารเรียนแบบ สปช.105/29 2 ชั้น 8 ห้องเรียน พื้น คสล. หลังคามุงด้วยกระเบื้องลอนคู่สีขาวเป็นเงิน 1,780,000 บาท สร้างเสร็จเมื่อวันที่ 6 ตุลาคม 2535  

ปีการศึกษา 2536 ทางโรงเรียนได้รับความร่วมมือกับคณะกรรมการสถานศึกษาและผู้ปกครองหาเงินขุดขุดบ่อน้ำขนาด 80 x 24 x 26 เมตร ซึ่งอยู่ทางเหนือของอาคารเรียน เป็นเงินงบประมาณ 120,000 บาท 

ปีการศึกษา 2537 ทางราชการได้อนุมัติงบประมาณหมวดค่าที่ดินและสิ่งก่อสร้างให้สร้างถังน้ำฝน แบบ ฝ.30  เป็นเงิน 70,000 บาท และในปีเดียวกันกระทรวงศึกษาธิการได้ให้ความเห็นชอบให้คณะกรรมการการประถมศึกษาฉะเชิงเทรา พิจารณารับโอนโรงเรียนเอกชนเป็นสถานศึกษาของกระทรวงศึกษาธิการ

ในวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2537 ทางราชการได้รับโอนโรงเรียนเอกชนชื่อโรงเรียนอนุกูลพิทยา เข้าเป็นส่วนหนึ่งของโรงเรียนสุเหร่าคลองใหญ่(อนุกูลศึกษา)จัดการสอนในชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น 

พ.ศ. 2538 ทางโรงเรียนได้รับงบประมาณค่าที่ดินและสิ่งก่อสร้าง จำนวน  3 รายการ

• สร้างส้วม แบบ สปช.601/26 จำนวน 4 ที่นั่ง ขนาด 2.80 x 5.6 เมตร พื้น คสล. หลังคามุงด้วยกระเบื้องลอนคู่สีขาวเป็นเงิน 90,000 บาท

• สร้างถังน้ำฝน แบบ ฝ.33 ขนาดบรรจุ 3 ลบม. จำนวน 3 ถัง สูง 3.6 เมตร เป็นเงิน 60,000 บาท

• สร้างสนามบาสเก็ตบอล ขนาด 16 x 28 เมตร คสล. ผิวปูนขัดมันเรียบ เป็นเงิน 128,000 บาท

พ.ศ. 2544 โรงเรียนได้จัดงานเปิดสนามกีฬาอเนกประสงค์ ซึ่งได้รับงบประมาณจากทางราชการเป็นเงิน 100,000 บาท โดยมีนายสมควร  รุ่งเรือง หน.ปอ.เมืองฉะเชิงเทราเป็นประธานเปิดงาน

พ.ศ. 2546 โรงเรียนได้รับเงินจัดสรรสร้างอาคารอเนกประสงค์แบบสปช. 203/26 เป็นเงิน 

498,000 บาท 

พ.ศ. 2548 โรงเรียนได้รับจัดสรรงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน แบบสปช. 105/29 จำนวน 8 ห้องเรียน ส้วมแบบสปช. 601/26 จำนวน 4 ที่นั่ง

พ.ศ. 2551 โรงเรียนได้รับรางวัลชนะเลิศการเฝ้าระวังทันตหมวด 2 ศูนย์อนามัยที่ 3 ชลบุรี ได้รับรางวัลความรู้เรื่องทันตยอดเยี่ยม ศูนย์อนามัยที่ 3 ชลบุรี

พ.ศ. 2552 โรงเรียนได้รับรางวัลชนะเลิศโรงเรียนคู่หู การเฝ้าระวังทันตสุขภาพได้รับรางวัลโล่ชนะเลิศจากรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข

พ.ศ. 2553 โรงเรียนได้ดำเนินการสร้างป้ายโรงเรียนใหม่เป็นลักษณะหินแกรนิตแกะสลักมีขนาดความสูง 4.50 เมตร กว้าง 4.50 เมตร เป็นเงิน 80,000 บาท

พ.ศ. 2554 โรงเรียนได้ดำเนินการสร้างรั้วโรงเรียนระยะที่ 1 จากบ้านพักนักการภารโรงถึงทางเข้าเป็นรั้วคอนกรีตด้านบนเป็นเหล็กเหลี่ยม ขนาดความกว้าง 3 เมตร สูง 2 เมตร เป็นเงิน 210,000 บาท ซึงเป็นเงินที่ได้รับบริจาคและเงินจากการจัดงานปิดภาคเรียนประจำปีการศึกษา 2553 และดำเนินการจัดทำสวนหย่อม

ด้านหน้าโรงเรียน เพื่อเพิ่มพื้นที่สีเขียวตามคำแนะนำของสมศ. เป็นเงิน 50,000 บาท 

ในปัจจุบันโรงเรียนสุเหร่าคลองใหญ่(อนุกูลศึกษา) เปิดสอน 3 ระดับ ได้แก่ ระดับก่อนประถมศึกษา ระดับประถมศึกษา และระดับมัธยมศึกษาตอนต้น มีนักเรียน 225 คน มีครูที่ทำการสอนในโรงเรียน 14 คน ปัจจุบันมี

นายนพดล  สกุลเหลืองอร่าม เป็นผู้อำนวยการโรงเรียนสุเหร่าคลองใหญ่ (อนุกูลศึกษา)